在哺乳動物體內(nèi)，適應性免疫（adaptive immunity）是一個進化過程中保守的生化過程。其中，某些蛋白質(zhì)中的多肽片段通過抗原處理及呈遞系統(tǒng)（antigen processing and presentation system, APP）被表達在細胞表面，而從被CD8+ T細胞識別，這些多肽被稱為MHC 免疫多肽（MHC immunopeptidome）。 由于MHC免疫多肽存在極大的個體差異，因此免疫多肽研究的第一步就是系統(tǒng)性的表征大批量樣品中的免疫多肽，質(zhì)譜法由于無偏性及靈敏度，已經(jīng)被很多研究項目采用，用于針對不同的物種的研究。目前這些研究大都專注于特定的物種，沒有從跨物種層面考慮。因此，來自加拿大和德國的課題組，通過整合多組學數(shù)據(jù)分析，比較了

人類和🐭小鼠的MHC多肽，通過比較其免疫多肽的相同與不同，為我們揭示了MHC免疫多肽相關(guān)的幾個常見問題。 在論文“nderstanding the constitutive presentation of MHC class I immunopeptidomes in primary tissues”中，科學家們通過整合蛋白質(zhì)組學，轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)（圖1），對于人類和小鼠的免疫多肽（來源于不同器官）進行了系統(tǒng)的分析，并提出了7個對MHC免疫多肽常見的問題。

Q1. 免疫多肽的不同分型在人體不同組織的表達概率相同嗎？ 目前對已免疫多肽的一個共識是人類MHC-I免疫多肽存在著異質(zhì)性，隨之而來的問題就是在異質(zhì)性的前提下，各個分型在不同組織內(nèi)的表達概率是否一致？在該研究中，研究人員首先對來源于29個人類

個體的數(shù)據(jù)進行分析，發(fā)現(xiàn)人類MHC-I多肽的3種分型（HLA- A/B/C）在不同組織內(nèi)的分布存在極大的差異（圖3A），進一步細化到各亞型的不同分型更加證實了這種差異。例如, 個體AUT-DN12的結(jié)腸中，HLA-A*02:01的比例明顯高于其他個體（圖3 B-D)。 為了進一步研究這種“組織特異性”的差異在人類群體水平上是否同樣存在，作者進一步計算了群體水平上不同分型的平均富集值。通過熱點圖（圖4）可以發(fā)現(xiàn)，在群體水平上，某些分型在特定組織內(nèi)的表達明顯升高（圖4）