許多凍干機(jī)帶有自動(dòng)控制系統(tǒng)，并同時(shí)兼?zhèn)溆惺謩?dòng)控制功能，但自動(dòng)控制的方式上各制造廠之間有很大的差別，用戶必須弄清楚。

所謂凍干機(jī)的自動(dòng)控制應(yīng)該包括二個(gè)部分，一是凍干機(jī)的各設(shè)備按凍干工藝要求在規(guī)定的時(shí)間自動(dòng)走停，二是凍干箱板層溫度按凍干曲線要求自動(dòng)跟蹤，整個(gè)凍干進(jìn)程不需要人工操作，當(dāng)然如果需要也可進(jìn)行人工干預(yù)。但有些凍干機(jī)的自動(dòng)控制是不完全的，僅能自動(dòng)跟蹤凍干曲線，其余部分需人工操作。

有些凍干機(jī)的自動(dòng)控制僅能到凍干結(jié)束，凍干結(jié)束之后的箱內(nèi)壓塞、冷凝器除霜以及蒸汽消毒不能自動(dòng)進(jìn)行，需要人工操作，特別是蒸汽消毒部分，因涉及到許多閥門控制，人工操作比較麻煩，應(yīng)該選擇自動(dòng)消毒程序的凍干機(jī)。

有些凍干機(jī)的自動(dòng)控制是使用專用微機(jī)，操作、編程方便，顯示的語言是凍干專用語言，還帶有熒光屏，打印機(jī)和軟盤，能同時(shí)儲(chǔ)存幾十個(gè)凍程序，每個(gè)程序內(nèi)容可顯示，整個(gè)程序內(nèi)容可由打印機(jī)打出。而有凍干機(jī)的自動(dòng)控制使用的是一種儀表，操作、編程均較麻煩，可儲(chǔ)存的凍干程序也較少。

記錄儀表對凍機(jī)來說也是一個(gè)很重要的儀器，它能把整個(gè)凍干的實(shí)際過程真空地記錄下來，以便日后存查，記錄儀表大都采用多點(diǎn)記錄儀，它既能打點(diǎn)，又能直接進(jìn)行文字記錄，還有數(shù)字顯示系統(tǒng)。

北京博醫(yī)康旗下的Pilot系列凍干機(jī)，采用了先進(jìn)的閉環(huán)控制方式的自動(dòng)控制系統(tǒng)。用戶可通過觸摸屏以及PLC（可編程序控制器）對凍干機(jī)進(jìn)行自動(dòng)化系統(tǒng)調(diào)整。同時(shí)，Pilot系列凍干機(jī)擁有多系列不同的機(jī)型，用戶可根據(jù)自己的具體情況，進(jìn)行選購。