單細胞mRNA測序揭示早熟樹突狀細胞在炎癥反應(yīng)中的作用       
——研究表明單細胞測序在發(fā)現(xiàn)通常隱藏在海量細胞樣本中的稀有細胞群的重要性

波士頓和南舊金山，加州，2014年6月30——在本月Nature上發(fā)表的一篇文章中，Broad 研究所和FLUIDIGM的科學(xué)家使用C1^TM單細胞自動制備系統(tǒng)制備細胞用于單細胞測序，發(fā)現(xiàn)在受到相同抗原刺激的樹突狀細胞群體中有一個亞群的早熟細胞更早地表達抗病毒基因。 由于通常情況下是在海量細胞中進行平均的檢測，這些早熟的細胞是無法被發(fā)現(xiàn)的�；�于FLUIDIGM和Broad研究所在單細胞基因組學(xué)的貢獻，這一發(fā)現(xiàn)將使研究者可以探索機體在受到外源攻擊時，這些早熟的細胞如何調(diào)控機體的免疫反應(yīng)。

Nature的文章同樣也著重指出細胞異質(zhì)性的作用及其在免疫反應(yīng)中的胞間通訊的重要性。在通常的實驗中，細胞在一個環(huán)境中被一起研究，允許細胞間的通訊和傳遞信號。然而，F(xiàn)LUIDIGM的C1^TM單細胞自動制備系統(tǒng)的獨有特性允許研究者分離單一細胞來發(fā)現(xiàn)那些表達抗病毒基因的特定細胞。因為這些特定的細胞被分離了，那些不表達抗病毒基因的細胞就不會引起免疫反應(yīng)，這表明胞間通訊在免疫反應(yīng)中起到至關(guān)重要的作用。

除了發(fā)現(xiàn)稀有的細胞亞群以外，這一研究為單細胞研究的數(shù)據(jù)樹立了一個新的標準。在文章中發(fā)表的1774個細胞的數(shù)據(jù)是目前為止最大的單細胞基因組數(shù)據(jù)，也是最大的單細胞mRNA測序數(shù)據(jù)。

為了發(fā)現(xiàn)和描述這些只占樹突狀細胞群1%的稀有的早熟細胞，研究者需要按比例放大到很高數(shù)量的細胞。為了達到這個目的，他們首先需要解決兩個關(guān)鍵問題：怎樣制備含有成千上萬個細胞的單細胞文庫，以及怎樣在可承受范圍內(nèi)對如此大量的樣本進行測序。

為了制備數(shù)目巨大的單細胞文庫，研究者依靠實驗開始時剛剛上市的C1^TM單細胞自動制備系統(tǒng)。C1™系統(tǒng)的微流控技術(shù)使得研究者能快速和可靠地分離，處理和研究單一細胞用于基因組學(xué)分析。在研究中，科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)可以用少于100萬的讀長獲得穩(wěn)定的單細胞的數(shù)據(jù)（通常做海量mRNA測序需要500萬到1000萬的讀長）。科學(xué)家們能更快地獲得穩(wěn)定的數(shù)據(jù)大大降低了實驗運行的成本。
 
要獲得完整的文章——Single-cell RNA-seq reveals dynamic paracrine control of cellular variation, Nature. 2014 Jun 19;509(7505):363-9

請訪問：  http://info.fluidigm.com/Shalek_Et_Al.html

單細胞基因組學(xué)倡議
在2012年，Broad研究所的基因組學(xué)平臺和FLUIDIGM（NASDAQ:FLDM）建立了單細胞基因組學(xué)倡議用于加速哺乳動物單細胞基因組學(xué)研究方法的開發(fā)和結(jié)果的發(fā)現(xiàn)。單細胞基因組學(xué)倡議也是在許多包括干細胞和腫瘤生物學(xué)在內(nèi)的前沿領(lǐng)域的單細胞基因組學(xué)研究者之間進行合作的橋梁。倡議的機構(gòu)位于麻省劍橋的Broad研究所，在那里有全套的富魯達單細胞工具，實驗流程和技術(shù)，最引人注目的就是C1^TM單細胞自動制備系統(tǒng)和BioMark HD^TM系統(tǒng)。

技術(shù)
FLUIDIGM的C1^TM單細胞自動制備系統(tǒng)是基于公司開創(chuàng)性的微流控技術(shù)，這一技術(shù)使研究者們能快速和可靠地分離，處理和描述單個細胞用于基因組學(xué)分析�？茖W(xué)家們可以用一種技術(shù)抽提，反轉(zhuǎn)錄，擴增并最終檢測和分析細胞活性，從而降低不同平臺技術(shù)帶來的差異。

在這篇最近發(fā)表的文章中的實驗，一共用到了5套C1^TM單細胞自動制備系統(tǒng)，從1774個細胞中產(chǎn)生了有生物意義的數(shù)據(jù)。

這篇文章是第10篇C1^TM單細胞自動制備系統(tǒng)上發(fā)表的文獻。

關(guān)于富魯達
富魯達（NASDAQ:FLDM）為像單細胞生物學(xué)和生產(chǎn)基因組學(xué)等的高增長市場開發(fā)，生產(chǎn)和市場化生命科學(xué)分析和制備系統(tǒng)。我們銷售給全球頂尖的科研院校，臨床實驗室，制藥公司，生物技術(shù)公司以及農(nóng)業(yè)生物技術(shù)公司。我們的系統(tǒng)是基于專利的微流控和多參數(shù)流式質(zhì)譜儀技術(shù)，產(chǎn)品設(shè)計時大大簡化了實驗流程，提高了通量并降低了成本，同時又能提供優(yōu)秀的數(shù)據(jù)質(zhì)量。富魯達產(chǎn)品僅供研究用途。不可用于診斷步驟。

FLUIDIGM®，C1™和BioMark™是FLUIDIGM的商標或注冊商標。

關(guān)于麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)的Broad研究所
麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)的The Eli and Edythe L. Broad研究所在2004年建立，用于給有創(chuàng)造力的科學(xué)家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的機會。Broad研究所旨在描述生命的所有分子部件以及它們的聯(lián)系；發(fā)現(xiàn)主要人類疾病的分子基礎(chǔ)；開發(fā)有效的診斷和治療方法；并向整個科研界發(fā)布發(fā)現(xiàn)，工具，方法和數(shù)據(jù)。

該研究所由麻省理工學(xué)院，哈佛大學(xué)和它們的附屬醫(yī)院，以及洛杉磯的慈善人士Eli和Edythe L. Broad 建立，人員包括麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)的生物醫(yī)療領(lǐng)域的教授，專業(yè)職員和學(xué)生，研究所與全球超過40個國家的100多個私立和公立的科研機構(gòu)有合作項目。希望了解Broad研究所的更多信息，請登錄http://www.broadinstitute.org。

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