為幫忙大家更快了解最新科研進展，掌握科研熱點，擴展科研思路，伯豪生物特此推出最新頂刊文獻速遞系列推文。本期是2025年12月最新頂刊發(fā)表的單細胞轉(zhuǎn)錄組相關(guān)文獻集萃！

1 頂刊文獻一：Cell丨體外模擬人類胚胎著床

文章標題：Modeling human embryo implantation in vitro
期刊：Cell（IF：42.5）
文章摘要：人類胚胎成功植入子宮內(nèi)膜是妊娠建立的關(guān)鍵步驟，然而這一過程具有高失敗率。以往的研究多依賴于動物模型或二維細胞培養(yǎng)，但這些系統(tǒng)難以真實模擬人體內(nèi)復雜的細胞互作與三維結(jié)構(gòu)。該研究構(gòu)建了一種名為“細胞工程化容受性子宮內(nèi)膜支架技術(shù)”（CREST）的三維體外模型。人類胚胎和囊胚植入子宮內(nèi)膜模型，實現(xiàn)植入后的特征，包括胎盤發(fā)育早期事件基礎(chǔ)的高級滋養(yǎng)細胞結(jié)構(gòu)。第14天胚胎-子宮內(nèi)膜界面的單細胞RNA測序揭示了胚胎和子宮內(nèi)膜之間預測的分子相互作用。破壞細胞外滋養(yǎng)層細胞和子宮內(nèi)膜間質(zhì)細胞之間的信號相互作用，在滋養(yǎng)層細胞生長過程中形成缺陷，證明了串擾過程對維持胚胎發(fā)生的重要性。這個平臺為研究人類胚胎植入的早期階段提供了機會。

2 頂刊文獻二：Cell丨肝臟對慢性代謝應(yīng)激的適應(yīng)導致腫瘤的發(fā)生 

文章標題：Hepatic adaptation to chronic metabolic stress primes tumorigenesis
期刊：Cell（IF：42.5）
文章摘要：肝細胞具有代謝、合成和解毒作用，但慢性營養(yǎng)失衡可誘導肝細胞死亡并誘發(fā)代謝功能障礙相關(guān)的脂肪性肝炎（MASH）。盡管先前的研究發(fā)現(xiàn)了應(yīng)激誘導的肝細胞死亡驅(qū)動因素，但慢性應(yīng)激對存活細胞的功能影響仍不清楚。該研究通過跨物種縱向單細胞多組學，發(fā)現(xiàn)持續(xù)的應(yīng)激驅(qū)動非轉(zhuǎn)化肝細胞的預后發(fā)育和癌癥相關(guān)程序，同時降低其成熟的功能特征。該研究確定并實驗驗證干擾肝細胞功能平衡的主要調(diào)節(jié)因子，在應(yīng)激下增加增殖，并直接引發(fā)未來的腫瘤發(fā)生。通過對人體組織微陣列空間轉(zhuǎn)錄組學的地理回歸，該研究揭示了空間結(jié)構(gòu)的多細胞群落和形成應(yīng)激反應(yīng)的信號相互作用。

3 頂刊文獻三：Cancer Cell丨腫瘤起始干細胞通過微調(diào)中性粒細胞可塑性來構(gòu)建保護性微環(huán)境
文章標題：Tumor-initiating stem cells fine-tune the plasticity of neutrophils to sculpt a protective niche
期刊：Cancer Cell（IF：44.5）
文章摘要：近年研究發(fā)現(xiàn)，腫瘤起始干細胞（tSCs）作為腫瘤的“種子細胞”，不僅驅(qū)動腫瘤發(fā)生發(fā)展，還能抵抗傳統(tǒng)療法。聚焦于腫瘤微環(huán)境（TME）中功能高度異質(zhì)性的腫瘤相關(guān)中性粒細胞（TANs）。傳統(tǒng)觀點認為TANs主要發(fā)揮免疫抑制作用，但近年研究發(fā)現(xiàn)其具備可塑性，在特定條件下可轉(zhuǎn)化為抗腫瘤效應(yīng)細胞。本研究通過單細胞RNA測序（scRNA-seq）解析TANs異質(zhì)性；利用空間轉(zhuǎn)錄組學（NanoString GeoMx）定位細胞互作空間分布；采用條件性基因敲除小鼠模型（如Sox2 cKO、Ifnar1/lfngr1 dKO）驗證分子功能；通過體外共培養(yǎng)、代謝物干預及流式細胞術(shù)分析細胞互作機制；結(jié)合患者樣本（頭頸鱗癌、皮膚鱗癌）進行臨床相關(guān)性驗證。研究揭示tSCs通過代謝重編程調(diào)控中性粒細胞功能狀態(tài)的嶄新機制，為理解免疫治療耐藥提供了全新視角。

4 頂刊文獻四：Cancer Cell丨人類膠質(zhì)瘤疾病進程的多組學全景解析

文章標題：Multi-omic landscape of human gliomas from diagnosis to treatment and recurrence
期刊：Cancer Cell（IF：44.5）
文章摘要：為揭示治療逃逸和腫瘤微環(huán)境（TME）景觀的特征，該研究對 310 名成人和兒童患者的 670 個病灶構(gòu)建了大型臨床注釋膠質(zhì)瘤隊列，整合空間蛋白組、轉(zhuǎn)錄組及糖組技術(shù)。通過單細胞空間成像解析腫瘤抗原和免疫受體表達，并結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組及N-糖組圖譜，實現(xiàn)了分子特征、細胞組成與臨床信息的系統(tǒng)關(guān)聯(lián)。研究通過多組學分析揭示治療逃逸特征及腫瘤微環(huán)境動態(tài)變化，發(fā)現(xiàn)靶抗原異質(zhì)性、復發(fā)相關(guān)免疫重塑及N-糖基化與腫瘤分級、免疫轉(zhuǎn)錄組與患者生存密切相關(guān)，為膠質(zhì)瘤分型、預后評估及靶向治療提供了重要資源和分析框架。

5 頂刊文獻五：Mol Cancer丨微衛(wèi)星穩(wěn)定型結(jié)直腸癌的免疫相關(guān)去泛素化譜揭示 USP7為潛在免疫治療靶點

文章標題：Immune-related deubiquitylation spectrum of microsatellite stability colorectal cancer reveals USP7 as a potential immunotherapeutic target
期刊：Molecular Cancer（IF：33.9）
文章摘要：免疫檢查點抑制劑 (ICIs) 在微衛(wèi)星穩(wěn)定性大腸癌 (MSS CRC) 中的功效仍然有限，突出了對預測性生物標志物的迫切需求。該研究通過多組學分析（轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組和免疫組化分析），確定了兩種新的MSS CRC亞型（DUB-H和DUB-L）。與DUB-H相比，DUB-L亞型表現(xiàn)出炎癥腫瘤免疫微環(huán)境，對免疫治療有更好的反應(yīng)，且無復發(fā)生存期（RFS）更長。USP7基因在 MSS CRC 中高表達，而在微衛(wèi)星不穩(wěn)定型（MSI-H）腫瘤中不高表達，且與受抑制的免疫浸潤密切相關(guān)。大規(guī)模臨床分析證實，USP7 高表達與微衛(wèi)星穩(wěn)定狀態(tài)、特定的共識分子亞型（CMS）以及不良預后相關(guān)。單細胞分析和多重免疫熒光驗證了USP7高表達的MSS腫瘤存在免疫荒漠表型。體內(nèi)實驗表明，USP7 阻斷通過重塑腫瘤免疫微環(huán)境、增加CD8+ T和NK細胞的浸潤和功能來增強MSS CRC模型中抗PD-1治療的療效。一致的是，低USP7表達與對抗PD-1治療的更好反應(yīng)相關(guān)�？傊�，該研究提出了一種新的基于DUB的MSS CRC分類系統(tǒng)，并證明靶向USP7可能通過將免疫 “冷” 腫瘤轉(zhuǎn)化為 “熱” 腫瘤來克服免疫治療耐藥性。

6 頂刊文獻六：Nat Immunol丨單細胞多組學景觀揭示成人和兒童敗血癥的解剖學特異性免疫特征
文章標題：Single-cell multi-omic landscape reveals anatomical-specific immune features in adult and pediatric sepsis
期刊：Nature Immunology（IF：27.6）
文章摘要：該研究通過單細胞多組學技術(shù)，包括scRNA-seq、scTCR/BCR測序、CITE-seq和血漿蛋白質(zhì)組學，分析了281名成人和兒童膿毒癥患者及對照組的外周血單核細胞與血漿樣本進行分析。研究揭示了不同解剖部位（如肺部、腹部、泌尿系統(tǒng)等）和年齡特異性的免疫特征，鑒定出44個免疫細胞亞群，并發(fā)現(xiàn)成人膿毒癥中CD8⁺ T細胞和NK細胞減少，兒童肺部膿毒癥中CD4⁺ T細胞比例降低。這些發(fā)現(xiàn)為精準免疫治療提供了新的靶點，并通過外部數(shù)據(jù)集、流式細胞術(shù)、RT-PCR、ELISA及小鼠模型驗證了關(guān)鍵結(jié)果。

7 頂刊文獻七：Nat Immunol丨三特異性抗體重塑腫瘤免疫微環(huán)境

文章標題：DC subsets and states unraveled across human juxtatumoral and malignant tissues
期刊：Nature Immunology（IF：27.6）
文章摘要：樹突狀細胞作為專業(yè)的抗原呈遞細胞，在連接天然免疫與適應(yīng)性免疫中扮演著核心角色。該研究通過整合來自13種腫瘤組織、共計40個數(shù)據(jù)集的單細胞RNA測序數(shù)據(jù)，構(gòu)建了兩個綜合性資源：涵蓋漿細胞樣DC與髓系DC的DC-VERSE，以及專注于髓系DC的mDC-VERSE。這些圖譜為系統(tǒng)性解析人類DC在生理和病理狀態(tài)下的異質(zhì)性提供了無偏倚的框架�；�于此，研究團隊深入刻畫了跨越不同組織的DC亞群和“狀態(tài)”，并特別聚焦于腫瘤微環(huán)境中的DC特性。這項研究不僅系統(tǒng)性地定義了腫瘤微環(huán)境中樹突狀細胞的亞群和狀態(tài)，更發(fā)現(xiàn)了一個關(guān)鍵且與不良預后相關(guān)的特殊細胞狀態(tài)——CD207+ DC。

8 頂刊文獻八：Nat Biomed Eng丨三特異性抗體重塑腫瘤免疫微環(huán)境

文章標題：A trispecific antibody engaging T cells with tumour and myeloid cells augments antitumour immunity
期刊：Nature Biomedical Engineering（IF：26.7）
文章摘要：免疫學上無反應(yīng)的腫瘤通常對免疫檢查點抑制劑產(chǎn)生抵抗，這是由于腫瘤特異性T細胞數(shù)量稀少以及免疫抑制性微環(huán)境的存在。該研究分析了來自17種腫瘤類型的300例患者的單細胞RNA測序數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)包括卵巢癌和結(jié)直腸癌在內(nèi)的多種惡性腫瘤中存在大量但功能受限的旁觀者T細胞。為增強此類情況下的抗腫瘤免疫，作者設(shè)計了B7H3xCD3xPDL1——一種基于免疫球蛋白的三特異性T細胞銜接器，靶向B7H3、CD3和PDL1，以重定向T細胞同時緩解免疫抑制。研究證實該抗體能激活旁觀者 T 細胞，重編程巨噬細胞，通過 IFNγ-IL-15 正反饋環(huán)路增強抗腫瘤免疫，在多種實體瘤模型中顯示強效抗腫瘤活性，為免疫無反應(yīng)性實體瘤提供了新的治療策略。

9 頂刊文獻九：Kupffer細胞自噬可能是原發(fā)性膽汁性膽管炎（PBC）治療新靶點

文章標題：Autophagy of Kupffer cells modulates CD8+ T cell activation in primary biliary cholangitis
期刊：Gut（IF：26.2）
文章摘要：原發(fā)性膽汁性膽管炎（PBC）是一種慢性自身免疫性肝臟疾病，免疫失衡是PBC發(fā)病的關(guān)鍵環(huán)節(jié)，包括自身反應(yīng)性T細胞引發(fā)的反復組織炎癥和損傷。該研究利用PBC患者及模型鼠的單細胞轉(zhuǎn)錄組測序、組化、流式檢測數(shù)據(jù)，深入闡述了肝臟中Kupffer細胞及單核細胞源性巨噬細胞（MoMs）的轉(zhuǎn)錄水平、蛋白水平、空間定位的變化。利用巨噬細胞清除結(jié)合CCR2缺陷小鼠，發(fā)現(xiàn)Kupffer細胞可能在調(diào)控致病性CD8+T細胞活化中發(fā)揮關(guān)鍵作用。進一步結(jié)合scRNA-seq及bulk RNA-seq，發(fā)現(xiàn)自噬相關(guān)通路在Kupffer細胞上調(diào)，并利用PBC小鼠模型和患者肝臟穿刺標本驗證了這一發(fā)現(xiàn)。