液體處理專家如何自動化、標準化捕獲測序文庫制備
目標區(qū)域捕獲測序技術，是根據(jù)已知特定基因組區(qū)域序列設計寡核苷酸探針，通過雜交將目標區(qū)域捕獲富集進行二代測序。其針對目標區(qū)域深度測序，增加了檢查靈敏度和準確性。既滿足研究需求，又降低測序成本，在科研、臨床中均備受關注。
液體處理專家貝克曼庫爾特推出Biomek 自動化捕獲測序方案，幫助您實現(xiàn)自動化、標準化的捕獲測序。 由自動化工作站進行基因捕獲，可以減少手工操作時間，提高工作效率，增加結果的重復性和均一性。 Biomek工作站可實現(xiàn)從核酸提取，文庫構建，定量混樣到捕獲的整體實驗流程。
Figure 1. 捕獲測序文庫構建自動化流程
由Biomek成功自動化的雜交捕獲試劑盒：
Agilent HaloPlex™ Target Enrichment - Ion Torrent Agilent SureSelect XT® Epicentre ScriptSeq® Complete Gold Low Input Illumina Nextera® Rapid Capture Illumina TruSeq® Exome Illumina TruSeq® Rapid Exome Illumina TruSight® Cancer Illumina TruSight® Tumor 15 Illumina TruSight® Tumor 170 IDT xGen® Exome Research Panel NEB NEBNext Direct™ Cancer HotSpot Panel Roche Nimblegen SeqCap EZ® for Illumina NGSBiomek自動化捕獲測序數(shù)據(jù)展示
Figure 2. IDT xGen® Exome Research Panel試劑盒捕獲測序文庫制備。
上圖： 片段分析，其中主峰1和2為雜交捕獲后cfDNA目標片段峰；
下圖：Qubit Fluorometric Quantification核酸定量結果。
Figure 3. IDT xGen®雜交捕獲試劑盒歷史手工數(shù)據(jù)vs.
Biomek i7自動化工作站完成數(shù)據(jù)。A. 平均中靶率，B. 重復率，C. 覆蓋度，D. GC偏移。
上圖： 片段分析，其中主峰1和2為雜交捕獲后cfDNA目標片段峰；
下圖：Qubit Fluorometric Quantification核酸定量結果。
Figure 3. IDT xGen®雜交捕獲試劑盒歷史手工數(shù)據(jù)vs.
Biomek i7自動化工作站完成數(shù)據(jù)。A. 平均中靶率，B. 重復率，C. 覆蓋度，D. GC偏移。
Biomek向導式軟件操作界面
在軟件操作界面上用戶可以選擇樣本數(shù)量，是否使用臺面整合的PCR儀，以及運行工作流程的哪個部分。此外，具備臺面自動校對功能，當操作人員完成耗材擺放后，工作站可根據(jù)攝像頭拍攝，自動判定耗材擺放是否正確，對錯誤擺放位置進行提示。避免由于人為擺放耗材錯誤，導致設備碰撞或試劑、時間損失。
Figure 4. 向導式軟件操作，IDT xGen® 雜交捕獲試劑盒方法選擇界面。
Biomek自動化捕獲測序——實踐速度與通量的飛躍
Figure 5. 完成 24/48/96個樣本的自動化IDT xGen®雜交捕獲測序文庫制備預估耗時。
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