玉米基因組中超過 80% 由轉(zhuǎn)座元件（TEs）組成，部分 TEs 可調(diào)控基因表達(dá)（如 tb1 基因的馴化與 TE 插入相關(guān)），但短讀長(zhǎng)測(cè)序因 TE 的重復(fù)性難以精準(zhǔn)解析其調(diào)控潛力。

來自華盛頓大學(xué)和林斯頓大學(xué)的研究人員利用Fiber-seq技術(shù)，全面解析了玉米基因組中轉(zhuǎn)座元件（TEs）的調(diào)控潛力。研究發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)iber-seq 能識(shí)別106,867 個(gè)可及染色質(zhì)區(qū)域（ACRs），遠(yuǎn)超 ATAC-seq 的 51,817 個(gè)，尤其在重復(fù)區(qū)域表現(xiàn)更優(yōu)；年輕 LTR 反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子具有典型 ACR 模式（成對(duì) ACRs），隨進(jìn)化年齡退化為單一 ACR，并形成植物特異性表觀特征 ——同時(shí)存在高 CpG 甲基化和染色質(zhì)可及性；TE 的 ACRs 可被協(xié)作為基因啟動(dòng)子，且含 ACR 的 TE 能促進(jìn)宿主基因擴(kuò)增；此外，hAT TEs 的插入位點(diǎn)被彌漫性染色質(zhì)可及性和低 5mCpG 甲基化標(biāo)記，包括 McClintock 最初發(fā)現(xiàn)的位點(diǎn)。該研究為理解 TE 在玉米基因調(diào)控和進(jìn)化中的作用提供了新視角。此項(xiàng)研究成果發(fā)表在2025年5月的Nature Plants上。

 
Fiber-seq 在此項(xiàng)研究中的技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1）更全面的 ACR 覆蓋：

ACR識(shí)別數(shù)量是 ATAC-seq 的2倍，且覆蓋 ATAC-seq 遺漏的低可映射性重復(fù)區(qū)域（如葉綠體 / 線粒體同源序列區(qū)域的假陽性更少）。能捕捉短 ACRs（<200 bp），這些區(qū)域在其他組織中可能表現(xiàn)為 ATAC-seq 可檢測(cè)的差異 ACRs（dACRs），體現(xiàn) “ACR 預(yù)示” 現(xiàn)象。

 
2）單分子精度：

可量化每條染色質(zhì)纖維的可及性，較單細(xì)胞 ATAC-seq 更精準(zhǔn)（對(duì)于一組約 40,000 個(gè)共有的可及染色質(zhì)區(qū)域（ACRs） 中，>50% 染色質(zhì)纖維被 Fiber-seq 檢測(cè)，僅有不到 5% 的細(xì)胞在這些 ACR 中出現(xiàn)轉(zhuǎn)座酶 Tn5 插入）。

 
相關(guān)文章：

• 通過Fiber-seq以單倍型視角解析人類基因調(diào)控
• 一張芯片獲得4種組學(xué)數(shù)據(jù) —— PacBio HiFi測(cè)序助力科學(xué)家解析疑難遺傳病
• Fiber-seq：利用HiFi測(cè)序?qū)崿F(xiàn)多組學(xué)檢測(cè)
• HiFi測(cè)序重大升級(jí) - PacBio推出SPRQ測(cè)序化學(xué)技術(shù)

 
PacBio正在參加8月21-25日在四川成都都江堰舉辦的2025表觀遺傳與染色質(zhì)生物學(xué)大會(huì)。如您對(duì)HiFi測(cè)序和Fiber-seq感興趣，歡迎您來PacBio展位交流和咨詢。

關(guān)于PacBio

PacBio (納斯達(dá)克股票代碼：PACB) 是一家領(lǐng)先的生命科學(xué)技術(shù)公司，致力于設(shè)計(jì)、開發(fā)和制造先進(jìn)的測(cè)序解決方案，幫助科學(xué)家和臨床研究人員解決復(fù)雜的遺傳問題。我們的產(chǎn)品和技術(shù)源自兩項(xiàng)高度差異化的核心技術(shù)，專注于準(zhǔn)確性、質(zhì)量和完整性，包括我們的HiFi長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序和我們的 SBB® 短讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)。我們的產(chǎn)品為廣泛的研究應(yīng)用提供解決方案，包括人類生殖系測(cè)序、植物和動(dòng)物科學(xué)、傳染病和微生物學(xué)、腫瘤學(xué)和其他新興應(yīng)用。欲了解更多信息，請(qǐng)?jiān)L問www.pacbio.cn。

*PacBio 產(chǎn)品僅供研究使用，不用于臨床診斷。

關(guān)于怡美通德

北京怡美通德科技發(fā)展有限公司成立于2003年，專業(yè)從事生命科學(xué)領(lǐng)域的儀器設(shè)備和試劑代理分銷以及相關(guān)技術(shù)服務(wù)，多年來通過與多個(gè)國(guó)際著名生物技術(shù)產(chǎn)品制造商的合作建立了完善的營(yíng)銷渠道與服務(wù)體系。我們是一家專注于生命科學(xué)領(lǐng)域的綜合性方案提供商，致力于通過代理分銷高質(zhì)量的生命科學(xué)產(chǎn)品和提供先進(jìn)的生物技術(shù)服務(wù)，推動(dòng)生命科學(xué)研究和應(yīng)用的發(fā)展。我們擁有一支專業(yè)、高效的團(tuán)隊(duì)，以及廣泛的合作網(wǎng)絡(luò)和資源，能夠?yàn)榭蛻籼峁┤�方位、一站式的解決方案。

北京怡美通德科技發(fā)展有限公司是PacBio的官方授權(quán)代理商，如果您想了解更多關(guān)于PacBio的信息，歡迎通過如下方式聯(lián)系我們：