多發(fā)性骨髓瘤(MM)是一種以異常B細(xì)胞克隆擴(kuò)增為特征的漿細(xì)胞惡性腫瘤[1,2]。B細(xì)胞在骨髓中積累，除了完整免疫球蛋白外，還分泌大量單克隆輕鏈(LCs)，并且15%的MM患者只產(chǎn)生LCs。25 kDa LCs蛋白通常由腎臟排泄或降解，但隨著單克隆數(shù)量異常曾高和腎臟清除率降低，可誘導(dǎo)多種LC聚集體沉積在腎臟的細(xì)胞外基質(zhì)中，從而導(dǎo)致各種疾病。目前，無法預(yù)測LCs患者血液中發(fā)現(xiàn)的特定單克隆LCs的體內(nèi)聚集行為。為了更好地了解影響LCs溶解度及其聚集傾向的因素，也有一些研究其生物物理性質(zhì)的探索，但是仍沒有得出明確的結(jié)論。為了實現(xiàn)這一目標(biāo)，創(chuàng)建一個包含LCs生物物理特性及其序列的數(shù)據(jù)庫必不可少。

本期推送我們給大家介紹一篇法國巴斯德研究所生物部質(zhì)譜團(tuán)隊發(fā)表在Analytical Chemistry上的文章De Novo Sequencing of Antibody Light Chain Proteoforms from Patients with Multiple Myeloma。作者結(jié)合自下而上和自上而下的蛋白質(zhì)組學(xué)方法，建立了一種新的從頭測序工作流程用于患者體內(nèi)LCs的鑒定，無需數(shù)據(jù)庫搜索。PEAKS Studio用于多肽的從頭測序解析，然后基于ALPS平臺(詳見特別提示)進(jìn)一步將這些肽段組裝成全長LCs序列。自上而下的蛋白質(zhì)組學(xué)提供了蛋白質(zhì)形態(tài)的完整分子質(zhì)量，并可以精確測定所有發(fā)生翻譯后修飾的氨基酸。然后，將該工作流用于從10例多發(fā)性骨髓瘤患者的尿液中提取的LCs的完全從頭測序。

作者首先對P15樣本的LCs進(jìn)行了完整分子量的測定，還原烷基化前后，檢測到的實際分子量分別為 23576.60 Da 和 23746.74 Da。然后，使用四種不同的酶(trypsin,Lys-C, pepsin, and Nepenthes digestive fluid)分別進(jìn)行酶切，優(yōu)化了LC - MS/MS方法，生成的數(shù)據(jù)用PEAKS進(jìn)行分析，得到從頭測序的肽段，然后用ALPS[3]將這些肽段進(jìn)行組裝。最終得到兩條組裝的序列，其中一條序列的理論分子量為23746.60 Da，與先前測定的結(jié)果一致，因此被選定為候選序列。