質(zhì)粒是一類雙鏈、閉環(huán)的DNA，大小范圍從1 kb至200 kb以上不等。通常情況下，質(zhì)粒可持續(xù)穩(wěn)定地處于染色體外的游離狀態(tài)，具有自主復(fù)制功能；但在一定條件下也會(huì)可逆地整合到宿主染色體上，隨著染色體的復(fù)制而復(fù)制，并通過細(xì)胞分裂傳遞到后代。

質(zhì)粒已成為核酸克隆和測序最常用的載體。質(zhì)粒DNA提取的產(chǎn)量和純度直接關(guān)系到下游實(shí)驗(yàn)操作的成敗。提取質(zhì)粒DNA的方法很多，目前應(yīng)用最為廣泛的是堿裂解－中和法，其基本原理為：當(dāng)菌體在NaOH和SDS溶液中裂解時(shí)，蛋白質(zhì)與DNA發(fā)生變性；當(dāng)加入中和液后，質(zhì)粒DNA分子能夠迅速復(fù)性，呈溶解狀態(tài)，離心時(shí)保留在上清液中；蛋白質(zhì)與染色體DNA不能復(fù)性而呈絮狀，離心時(shí)可沉淀下來。

質(zhì)粒DNA的純化方法通常是利用了質(zhì)粒DNA相對(duì)較小以及共價(jià)閉環(huán)這兩個(gè)性質(zhì)，例如氯化銫-溴化乙錠梯度平衡離心、離子交換層析、凝膠過濾層析、聚乙二醇分級(jí)沉淀等方法。但這些方法相對(duì)昂貴或費(fèi)時(shí)。對(duì)于小量制備的質(zhì)粒DNA，經(jīng)過苯酚、氯仿抽提，RNA酶消化和乙醇沉淀等簡單步驟即可去除殘余蛋白質(zhì)和RNA，所得純化的質(zhì)粒DNA可滿足酶切、轉(zhuǎn)化、探針標(biāo)記、測序等要求。然而該方法耗時(shí)較長，需要接觸苯酚、氯仿等有毒溶劑，而且所提取的質(zhì)粒 DNA有時(shí)不能被限制性內(nèi)切酶完全消化，因此在追求效率的今天，這種方法已逐漸被質(zhì)量可靠、快捷便利的硅膠膜離心吸附柱純化方法所代替。