ACT（Annotation of Cell Types）數(shù)據(jù)庫是一個專為單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)“細胞類型注釋”環(huán)節(jié)設(shè)計的在線一站式工具，由哈爾濱醫(yī)科大學(xué)肖云課題組建立。該課題組手工整理了約 7000 篇文獻中的 26000 多個細胞marker，構(gòu)建出層次化的標(biāo)記圖譜。結(jié)合自開發(fā)的WISE（加權(quán)整合基因集富集）算法，將經(jīng)典marker的普遍性與特定細胞類型的有序差異表達基因整合到該圖譜中，完成細胞注釋工作。

圖1 ACT數(shù)據(jù)庫概述

打開ACT官網(wǎng)，進入數(shù)據(jù)庫主頁（圖2）。該數(shù)據(jù)庫的細胞注釋與細胞marker下載功能實用性高，現(xiàn)對二者的操作方法進行介紹。

ACT官網(wǎng)：

圖2 ACT 數(shù)據(jù)庫主頁

一. 細胞注釋

在ACT主頁進行如下操作：

1）輸入物種和組織類型：細胞注釋需要先選擇物種和組織信息。

2）上傳cluster高表達基因：將本地已計算好的每個細胞cluster高表達基因topN上傳，上傳格式參考如下：

3）GSEA注釋：若勾“GSEA”，則同時執(zhí)行 WISE+GSEA進行細胞注釋。

4）查看歷史注釋結(jié)果：點擊“Submit”后系統(tǒng)分配ID，后續(xù)可在JobID Search中輸入ID查看歷史結(jié)果。

細胞注釋結(jié)果如下（圖3）

圖3 ACT細胞注釋結(jié)果頁面

1）注釋工作信息：顯示本次注釋工作的ID、樣品和組織類型、是否選擇GSEA。

2）注釋結(jié)果選擇：可選擇每個cluster可能性最高的細胞類型，或可能性最高的前10個細胞類型。

3）下載注釋結(jié)果：點擊下載圖標(biāo)，下載本次注釋結(jié)果。

4）注釋結(jié)果詳情：詳細展示每個cluster的注釋結(jié)果。以cluster1為例，列出細胞本體譜系圖（Cell Ontology）、細胞類型（Cell Type）、顯著性評分（Padj）、輸入上調(diào)基因與細胞型marker基因交集數(shù)量（Overlap Markers）。尾部熱圖的顏色標(biāo)示交集性質(zhì)：紅色是經(jīng)典marker基因；綠色是細胞型特異的差異表達基因；紫色為上述兩者皆是。

二. 細胞marker下載

在ACT主頁右上方選擇“Download”進入下載頁面（圖4），此處可下載數(shù)據(jù)庫作者收集的各種組織的細胞marker信息，操作方式如下：

圖4 ACT細胞marker下載頁面

1）選擇物種：下載頁面左側(cè)為人各組織marker下載界面，右側(cè)為小鼠。

2）輸入感興趣組織類型：在“Search”搜索框中輸入感興趣的組織名稱，下方將與之相關(guān)的結(jié)果篩選出來。

3）下載細胞marker：在篩選結(jié)果中點擊右側(cè)的“txt”下載圖標(biāo)，即可下載目標(biāo)組織類型的細胞marker信息，下載到的文件（圖5）包含物種、組織類型、細胞類型、細胞類型marker和marker來源文獻（PMID號）。

圖5 ACT細胞marker下載結(jié)果

本期我們介紹了ACT數(shù)據(jù)庫的細胞注釋和細胞marker下載功能，為大家的細胞注釋分析提供了便利的工具。我們后續(xù)也將持續(xù)推出更多生物學(xué)數(shù)據(jù)庫的介紹，如果您有特別想了解的數(shù)據(jù)庫，歡迎在評論區(qū)留言告訴我們！